Rejestry VAT stanowią księgę pomocniczą potrzebną do rozliczeń VAT. Każdy podatnik VAT posiadający działalność gospodarczą jest zobligowany do posiadania rejestrów sprzedaży oraz zakupu.
Wszelkie zdarzenia gospodarcze powinny być dodane oraz zaksięgowane do rejestrów. Ustawa nie określa formy prowadzenia rejestrów, każdy podatnik indywidualnie ustala tę kwestię. Rejestry mogą być prowadzone przy pomocy programów do prowadzenia księgowości, można do tego wykorzystać program do faktur online. Niektóre firmy posługują się do tego specjalnie stworzonym oprogramowaniem, takie oprogramowanie na zamówienie staje się coraz bardziej popularne. Wolumen posiadanych rejestrów uzależniony jest od specyfiki danej działalności gospodarczej, określonym minimum jest posiadanie rejestru zakupów oraz sprzedaży towarów i usług. Rejestry nie muszą być uzupełniane na bieżąco, w zależności od rodzaju deklaracji VAT wypełniane są albo miesięcznie albo kwartalnie. Rejestr VAT powinien zawierać:
– kwotę podatku, którą należy uiścić do Urzędu Skarbowego bądź kwotę którą powinien Urząd Skarbowy zwrócić dane dodatkowe, mające na celu prawidłowe sporządzenie deklaracji podatkowej
– kwoty podatku naliczonego przy częściowym odliczeniu podatku VAT
– kwoty podatku naliczonego, które obniżają kwotę podatku należnego
– przedmiot oraz podstawę opodatkowania
– wysokość podatku należnego